Einen Architektenwettbewerb zum Neubau der Staatskanzlei gewann 1982 das Architektenteam Diethard J. Siegert und Reto Gansser. Ab dem Herbst 1984 gab es jahrelange heftige Auseinandersetzungen mit der Landeshauptstadt München wegen der architektonisch sensiblen Lage am Hofgarten und an der Münchner Residenz. Besonders die geplante Beseitigung des ab 1560 angelegten Arkadengangs beim einstigen Hofbrunnwerk am Nordrand des Hofgartens zugunsten des Neubaus war umstritten und rief die Bürgerinitiative „Rettet den Hofgarten“ ins Leben. Der Kunsthistoriker Gunter Schweikhart kam in einem Gutachten vom 2. Mai 1987 zu dem Ergebnis, dass es sich „hinsichtlich seiner historischen und architektonischen Bedeutung um ein besonders wertvolles Baudenkmal“ handelt und forderte die Sanierung. Dagegen verteidigte das Bayerische Landesamt für Denkmalpflege das Vorhaben der Staatsregierung. Generalkonservator Michael Petzet sah die Bayerische Staatskanzlei gerade aus historischen Gründen in der Nähe der Residenz am richtigen Platz.
Schließlich kam es nach dem Tode von Strauß 1988 unter seinem Nachfolger zu einem Kompromiss mit deutlich kleinerem Bauvolumen. Auch auf die Integration des Hauses der Bayerischen Geschichte im Gebäude wurde verzichtet. Der 1982 sanierte Kuppelbau des alten Armeemuseums wurde als Zentralbau der Staatskanzlei beibehalten, die Renaissance-Arkaden bezog man in den Neubau der Staatskanzlei ein. 1989 wurde mit der Erstellung der Tiefgarage begonnen, 1993 war die neue Staatskanzlei bezugsfertig. Die beiden neuen Flügelbauten werden in voller Länge von verglasten Treppen im Stil der Himmelsleitern durchzogen, sodass der Eindruck von Schiffstreppen entsteht, auf denen man sich schwebend bewegt. Auf Wunsch des damaligen Ministerpräsidenten Max Streibl wurde im Anschluss an das Empfangszimmer des Ministerpräsidenten ein intimer Raum mit Zirbelholzverkleidung und -mobiliar ("Zirbelstube") eingefügt, der wegen hoher Kosten Aufsehen erregte. Im Nordrisalit tagt im Kabinettssaal der Ministerrat an einem ovalen Tisch unter einer ebenfalls ovalen, gebrochen gestalteten Lichtdecke.
Am neunten Tag als bayerischer Ministerpräsident konnte Edmund Stoiber am 6. Mai 1993 seinen neuen Amtssitz beziehen. Das Gebäude umfasst etwa 8.800 m². An der Ostseite der Staatskanzlei fließt der eingefasste Köglmühlbach oberirdisch vorbei. Vor der Westseite am Hofgarten befindet sich das Kriegerdenkmal.
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