Um 1140 gründete Burggraf Otto I. aus dem Haus der Babonen in Walderbach ein der Gottesmutter und dem Hl. Nikolaus geweihtes Augustiner-Chorherrenstift als Hauskloster und Familiengrablege. Der Stifter stattete das Kloster mit Besitzungen in Mittelfranken (z. B. Auernheim, Hofstetten und Meckenhausen) und Niederösterreich (z. B. Gottsdorf oder Untergrafendorf), aber auch in der Oberpfalz (Z. B. Biberbach, Taimering) aus. Die Klostergründung wird als Machtdemonstration der Babonen gegenüber den Diepoldinger-Rapotonen gesehen, die kurz zuvor die Klöster Reichenbach und Waldsassen gegründet hatten. Eine Schwester des Leopold V. von Österreich schenke dem Kloster 300 Menschen, Kinder nicht mitgerechnet, von denen die Männer fünf und die Frauen drei Pfennige an Abgaben zu leisten hatte. Durch Schenkungen von Adelsfamilien im Einzugsbereich des Regen erweiterte sich der Grundbesitz, der bis zur Klosterauflösung 1803 erhalten blieb.
1143 wird es ein Zisterzienserkloster und dadurch vom Kloster Waldsassen aus besetzt. Im 13. Und 14. Jahrhundert erreichte es seine Blüte, wurde aber in den Hussitenkriegen überfallen und gebrandschatzt. Ende 1562 verließ das letzte Ordensmitglied das Kloster und 1563 wurde es offiziell aufgehoben. Gut hundert Jahre später wurde es wieder begründet und von Zisterziensern aus dem Kloster Aldersbach besiedelt. Die Gebäude wurden Ende des 17. Jahrhunderts im barocken Stil neu aufgebaut. Die teilweise aus dem 12. Jahrhundert stammende Klosterkirche blieb dabei weitgehend unverändert.
Das Kloster wurde 1803 im Zuge der Säkularisation endgültig aufgelöst. Die Realien und einige Gebäude wurden 1804 versteigert. Die Kirche wurde katholische Pfarrkirche und in den Klostergebäuden wurden nacheinander Rentamt, Landgericht, Pfarramt und eine Försterwohnung untergebracht. Im westlichen Seitenflügel wurde eine Brauerei eingerichtet. Heute ist in einem Flügel das Museum des Landkreises Cham untergebracht, in einem anderen Teil befindet sich ein Hotel. Die früheren Schätze der Bibliothek befinden sich heute im Staatsarchiv Amberg.