Borgeby kyrka anses vara anlagd under 1200-talet, men är troligtvis byggd som slottskyrka i slutet av 1100-talet. De delar som finns kvar från 1200-talet är tornet och den västligaste delen av långhuset.
Kyrkan var förbunden med Borgeby slott med en mur och bakom denna bodde de underlydande till slottsherren i små hus. Öster om kyrkan fanns S:t Hans källa. Vad som hänt med denna källa vet man ej säkert, men det har spekulerats att det kanske var kyrkans gamla brunn. Ur denna tog man vatten till kyrkogården ända fram till 2014.
Det skall enligt legenden funnits en underjordisk krypgång mellan slottet (vid porten) och kyrkan (vid tornet) som användes för att ta sig in och ut ur borgen vid anfall och belägring. Förmodligen anlades denna gång i så fall under 1300- eller 1400-talet. Birger Jarls kyrkofrid innebar att man var fredad i kyrkan.
För några år sedan hittades lämningar av gången när man grävde för att bygga det s k "halmbränneriet" - det lilla huset vid slottet närmast kyrkan.
Skåne tillhörde Danmark till mitten av 1600-talet. Den danske riddaren Hans Spegel fick 1559 Borgeby slott i förläning av den danske kungen. Hans Spegel ligger begravd i Lunds domkyrka, men hans första hustru Katrine van Anefeld ligger begravd i Borgeby kyrka. På kyrkans södra yttervägg finns sedan slutet av 1800 talet en gravsten fastmurad i väggen. På denna är herr och fru Spegel avbildade. Inskriptionen på stenen är svårtydd, men följande kan läsas: HER LIGGER BEGRAFVEN ERLIC OCH WELBORDIC FRU KARIN FAN AANNEFELDT SOM DOG ANNO 1582......
År 1871 revs större delen av den gamla kyrkan och vi fick det nuvarande ljusa och rymliga långhuset med gjutjärnsfönster. Tornet fick en överdel med dubbla rundbågsgluggar vars luckor öppnas när klockan ringer. Långhuset blev längre och en ny absid byggdes. Numera går man in från väster genom vapenhuset. Det gamla vapenhuset låg söder om kyrkan. Detta var männens ingång och kvinnorna gick in från norrsida.
På Palmsöndagen den 28 mars 1915 brann det i kyrkan. Tornet och kyrkklockan föll ner och slog hål på loftet ovanför vapenhuset. Risken var stor att även loftet skulle börja brinna. En man räddade kyrkan genom att krypa in och riva ner bräder och stockar mm. För detta belönades han med 100 Riksdaler av Hanna och Ernst Norlind. Långhusets hela takstol förstördes liksom bjälklaget i tornet. Under Reparationstiden hölls högmässan i Löddeköpinge kyrka. Borgeby hörde samman med Löddeköpinge fram till 1973. Under reparationen av kyrkan installerades elljus och värmeledning. Redan samma höst återinvigdes kyrkan.
På 1970-talet byggdes bårhuset. År 1987 utfördes en genomgripande renovering av kyrkan. Den blev nykalkad och bänkarna målades om. Tre bänkrader längst bak togs bort och gav utrymme för sakristia och förberedelserum under orgelläktaren. Trettio år senare påbörjades en ny renovering där kyrkan utvändigt kalkades om, åskledare installerades och taket gicks över. Renoveringen beräknas vara klar till juni månad 2018. Då har ett nytt värmesytstem installerats, brädgolvet i kyrkan bytts ut, alla bänkar målats om och innerfönster satts in. Vägarna kalkmålats och en lekhörna byggts in. (Svenskakyrkan.se)