Im Nordosten ist der 4,8 ha große und 26 Meter tiefe Untersee durch eine 50 Meter breite und nur 0,5 Meter tiefe Engstelle vom Hauptteil des Sees, dem Weitsee mit seinen 172 ha, fast völlig abgetrennt. Über eine kleine Brücke an dieser Engstelle führt ein Wanderweg entlang des Eibsee-Nordufers. Die tiefste Stelle des gesamten Sees mit 34,5 Meter liegt nur etwa 90 Meter vom östlichen Südufer (etwa auf der Höhe des Frillensees) entfernt. Zu den vollständig abgetrennten kleinen Nachbarseen gehören der Frillensee im Süden (nicht zu verwechseln mit dem größeren Frillensee bei Inzell) sowie Braxensee, Steingringpriel, Steinsee, Froschsee und Drachenseelein im Norden.Der See gilt aufgrund seiner Lage unterhalb der Zugspitze und des klaren, grün getönten Wassers als einer der schönsten Seen der bayerischen Alpen. Er entstand, als sich am Ende der Würm-Kaltzeit der Isar-Loisach-Gletscher zurückzog und eine Senke hinterließ, die sich mit Wasser füllte. Zwischen 1700 v. Chr. und 1400 v. Chr. querte ein Bergsturz mit einer Fläche von 13 km² und einem Volumen von 350 Millionen m³ den mittleren und östlichen Teil des Sees. Die geschätzte Energiefreisetzung bei diesem Bergsturzereignis mit einer mittleren Sturzhöhe von 1400 m entspricht ca. 2,9 Megatonnen TNT (ca. 220 Hiroshima-Bomben). Dies hatte eine wesentliche Modifizierung der morphologischen Form der Eibseesenke zur Folge. Dabei entstand die Gestalt des heutigen Sees mit seinen 29 Mulden und 8 Inseln. Es ist einer der seltenen Fälle, in denen Inseln und Untiefen eines Sees geologisch wesentlich jünger sind als das Seebecken selbst. Rund 8 unterseeische Kuppen weisen Tiefen von weniger als 3 Metern auf. Die einzigen nennenswerten oberirdischen Zuflüsse sind der Kotbach, der in die Nordwestspitze des Sees mündet, sowie der Weiterbach im Süden. Der See ist ein Blindsee, da kein oberirdischer Abfluss vorhanden ist und Wasser aufgrund der Beckenlage nur unterirdisch abfließen oder versickern kann. Man vermutet, dass das knapp 2 km nordöstlich befindliche Quellgebiet des Kreppbaches (Lokalität Rohrlaine) von Eibseewässern unterirdisch gespeist wird.Sein Name ist auf die Eibe zurückzuführen, die früher sehr zahlreich um dem See herum vorkam. Heute ist sie am See nur noch vereinzelt zu finden und tritt nur noch in den Bannwäldern in der Nähe des Sees auf. Einen guten Blick auf den See hat man von der Seilbahn Zugspitze und von der Bayerischen Zugspitzbahn aus, welche beide auf die Zugspitze hinaufführen.