1441 entstand das erste Kloster sowie eine Kapelle zu Ehren des Hl. Rupert. Die "Waldbrüder", wie diese klösterliche Vereinigung genannt wurde, blieben allerdings nur bis 1447 im Halltal. Im Jahr 1448 bezogen zwei Waldschwestern, die nach den Regeln des Augustinerordens lebten, das Kloster im Halltal. Und so erlebte das Kloster trotz des harten Klimas am Ende des 15. Jahrhunderts eine Blütezeit. Anfang der achtziger Jahre des 15. Jahrhunderts begann man mit einem Neubau. Im Jahr 1494 beherbergte das Kloster 24 Schwestern und einen Kaplan. Im Jahre 1495 stellte der spätere Kaiser Maximilian I. dem Kloster einen besonderen Schutzbrief aus.
Die Kirche ist außen ohne Gliederung und ohne Turm. Chor und Schiff sind gleich breit. Im Inneren trägt das Gewölbe Sternrippen mit runden Schlußsteinen auf achteckigen Wandkonsolen. Die Gewölbemalerei im Chor zeigt die Jahreszahl 1486, womit wohl das Jahr der Vollendung der Bautätigkeit angegeben ist. Weshalb der Ort Sankt Magdalena bezeichnet wird, liegt vermutlich daran, dass 1490 der Kirchweihtag durch den Brixner Fürstbischof auf den Tag der Maria Magdalena verlegt wurde. Der Grund für die Verlegung des Kirchweihtages könnte sein, dass Magdalena, Tochter eines reichen Haller Bürgers (Georg Perl) 1486 in das Kloster eingetreten war. Georg Perl spendete jährlich 20 Mark Berner, damit seine verwitwete Tochter gemeinsam mit seiner Enkelin, ebenfalls Magdalena, im Kloster leben konnten. Ein weiterer Grund liegt vermutlich darin, dass die Heilige Magdalena (neben dem Hl. Rupert, Hl. Nikolaus, Hl. Barbara) eine der wichtigsten Bergheiligen ist.
Nach und nach zogen die Schwestern aus dem Kloster fort (zum Teil nach St. Martin in Gnadenwald) und so wurde 1566 die Niederlassung gänzlich aufgehoben. Das Kloster verfiel rasch, nur die Kirche wurde von der Haller Saline erhalten. Im ehemaligen Klostergebäude befindet sich heute ein Ausflugsgasthaus. Der alte gemauerte Keller des Klosters, der als Zuflucht vor Lawinen bzw. als Lagerungsort für Lebensmittel diente, existiert noch. Die Kirche ist bis zum heutigen Tage in einem gutem Zustand. Sie wurde 1946, 500 Jahre nach ihrer ersten Weihe, restauriert. Jedes Jahr wird an jenem Sonntag, der dem St. Magdalena-Tag (22. Juli) am nächsten liegt, das Patrozinium gefeiert.