Intorno al 1230 il paese non era altro che un nucleo di un certo numero di capanne. Dopo il 1300 il luogo iniziò a crescere e divenne ben presto noto per la pesca, ma anche per la navigazione interna. Nel 1388 il mercato del pesce di Katwijk aan den Rijn fu spostato a Katwijk aan Zee. I due posti erano già sotto lo stesso tabellone, Katwijk, ma poi è stata una gloria. Katwijk aan Zee è una rinomata località balneare dal 20° secolo. Alla fine degli anni '60 Katwijk aveva la più grande flotta peschereccia dei Paesi Bassi con 180 navi. Successivamente, quando arrivarono navi più moderne, le navi Katwijk dirottarono verso i porti di IJmuiden e Scheveningen e la flotta si rimpiccioliva.
Durante la seconda guerra mondiale, parte degli edifici di Katwijk aan Zee furono demoliti dai tedeschi. Era una striscia di case larga 200 metri lungo la costa, che doveva scomparire per far posto al Vallo Atlantico. Il viale ha assunto l'aspetto attuale solo dopo la guerra.
Alla fine degli anni Ottanta, Katwijk aan Zee si è fusa insieme a Katwijk aan den Rijn e ai distretti settentrionali (di nuova costruzione) di Hoornes e Rijnsoever, ora Katwijk-Noord, in un unico grande comune, Katwijk. Dal 1° gennaio 2006 anche i villaggi circostanti di Rijnsburg e Valkenburg rientrano nel comune di Katwijk.