Das Kloster wurde im Jahre 1115 von Herzog Vladislav I. und seiner Ehefrau Richenza von Berg im Flusstal der Úhlavka im Westen Böhmens während der römisch-katholischen Kolonisation im umgebenden Siedlungsgebiet der westslawischen Choden gestiftet, mit den Einnahmen aus den erbuntertänigen Orten ausgestattet und durch den Orden der Benediktiner mit Mönchen aus Schwaben besiedelt. Außerdem schenkte er dem Kloster Grundbesitz im Bereich von Böhmisch Aicha (Cesky Dub) in Nordböhmen, deren Grundherrschaft von den Benediktinern 1234 weiter verkauft wurde. Die überlieferte Gründungsurkunde des Klosters Kladruby aus dem Jahre 1115 soll eine nachträgliche Fälschung vom Ende des 12. Jahrhunderts sein, die dazu diente, einen schriftlichen Beleg für die umfangreichen Grundherrschaften des Klosters und dessen Einnahmen zu schaffen.
Während der Angriffe der Hussiten unter dem Feldherrn Andreas Prokop wurde die romanische Basilika in Kladrau niedergebrannt und die Abtei geplündert. Im 17. Jahrhundert während der Rekatholisierung in Böhmen entwickelte sich für einige Jahre im Kloster ein römisch-katholischer Wallfahrtsort, der keinen Bestand hatte, da die Abtei im Dreißigjährigen Krieg erneut in Mitleidenschaft gezogen wurde. Im frühen 18. Jahrhundert und der Rückgabe des Großgrundbesitzes erfolgte der Wiederaufbau. Die bis auf die Grundmauern zerstörte Abteikirche wurde nach Plänen des Baumeisters Johann Blasius Santini-Aichl neu errichtet und im Jahre 1726 als bedeutendster Bau der Barockgotik fertiggestellt, einem interessanten Phänomen innerhalb des mitteleuropäischen Barock, mehr geistes- und religionswissenschaftlich als architekturhistorisch zu deuten. Weithin sichtbar erhebt sich seither der Bau aus der bewaldeten Umgebung. Im Inneren befinden sich zahlreiche Altäre, ein Chorgestühl und eine Kanzel, 1726–27 geschaffen von Cosmas Damian Asam; das Gewölbe des 83 Meter langen Innenraums dominiert eine hohe Kuppel.
Nach der Auflösung der Benediktinerabtei im Jahr 1785 durch den Josephinismus zu Gunsten eines Religionsfonds dienten die Gebäude verschiedenen Zwecken, sie waren Lazarett, Kaserne und Invalidenhaus. Im Jahre 1825 kaufte Fürst Alfred I. zu Windisch-Graetz das Kloster und die dazugehörige Grundherrschaft für 275.500 Goldstücke, wobei ein Teil des Kaufpreises wegen seiner Verdienste um die Monarchie Österreich-Ungarn nicht bezahlt werden musste. In Kladruby wurde im Jahre 1864 im ehemaligen klösterlichen Konvent eine Brauerei errichtet. Im Revolutionsjahr 1848 endete die Erbuntertänigkeit der Dorfbewohner.
Nach dem Ende des Ersten Weltkrieges verloren die Fürsten Windisch-Graetz im Zuge einer Bodenreform in der Tschechoslowakei zahlreiche Ländereien, behielten aber den Hauptsitz der Familie in Tachov in Westböhmen. Ludwig Aladar Fürst von Windisch-Graetz zog, nachdem er seinen Onkel Alfred III. zu Windisch-Grätz beerbt hatte, nach Kladruby und richtete dort eine umfangreiche Bibliothek und ein Familienarchiv ein. 1938 bis 1945 gehörte Kladruby zum Deutschen Reich. Im Jahre 1945 wurde der Gesamtbesitz der Familie Windisch-Graetz in der Tschechoslowakei konfisziert. Das ehemalige Kloster Kladruby ist seither im Staatsbesitz und kann besichtigt werden.