As origens da fundação da Igreja-Mosteiro de Vera Cruz de Marmelar são bem remotas, uma vez que o actual templo terá sido construído sobre anteriores fundações.
A freguesia de Vera Cruz, anteriormente designada Marmelar ou pelo menos conhecida como o lugar de S. Pedro de Marmelar em documentos do Século XIII, é uma povoação bem antiga e histórica, tendo este Monumento acompanhado os seus passos ao longo dos séculos.
Segundo diversos estudos um anterior templo visigótico ou moçárabe existiria previamente a esta construção, do qual ainda existem vestígios. Em 1240, os cavaleiros da Ordem dos Hospitalários fundaram a aldeia e terão promovido a conversão do edifício cristão em Mosteiro.
A estrutura do templo que chegou até hoje data genericamente do período gótico, embora tenha sofrido obras posteriores, designadamente no século XVII.
A Igreja de Vera Cruz de Marmelar ficou ainda na história por guardar uma importante relíquia: uma parcela da cruz na qual alegadamente Jesus Cristo foi crucificado, trata-se da famosa relíquia do Santo Lenho, provavelmente recolhida na Batalha do Salado, assim fazendo com que Marmelar se instituísse como um dos quatro templos do reino onde a memória dessa gloriosa batalha fosse evocada (Sé de Évora, Sé de Lisboa e Matriz de Santiago do Cacém).