Na de bron buigt de Doubs eerst naar het noordoosten door Pontarlier, stroomt door het stuwmeer Lac de Moron in de richting van Delémont en vormt de grens met Zwitserland vanaf Les Brenets. Het valt over de Saut du Doubs, een 27 m hoge waterval, en stroomt vervolgens over een kort stuk van ca. 29 km volledig op Zwitsers grondgebied. Dit deel van de rivier wordt de Clos du Doubs genoemd. Na Saint-Ursanne verandert de rivier weer van richting naar het westen en verlaat het Zwitserse terrein bij Ocourt en La Motte aan de Zwitserse kant en Brémoncourt aan de Franse kant. De grens van de Doubs langs de Frans-Zwitserse landsgrens is een specialiteit. In tegenstelling tot andere rivieren loopt de grens niet in het midden van de rivier, maar de Doubs hoort volledig bij Frankrijk. Dit was het gevolg van contracten tussen de prins-bisschop van Bazel en de koning van Frankrijk. Vanuit Saint-Ursanne stroomt de Doubs in westelijke richting Frankrijk binnen en stroomt onder Saint-Hippolyte, waar ze aan de linkerkant samenkomt met de Dessoubre, door een dwarse vallei van de Montagnes du Lomont naar het noorden naar Audincourt. Onmiddellijk daarna neemt het de Allaine aan de rechterkant, buigt dan in de benedenloop naar het zuidwesten en streeft over Baume-les-Dames, Besançon en Dole, waar het de Loue aan de linkerkant inneemt, in de richting van de Saône, waar het komt op een hoogte van 170 m Verdun-sur-le-Doubs stroomt ongeveer 16 km ten Chalon-sur-Saône. Bron: Wikipedia