De naam van de abdij is afgeleid van de naam van het dorp – vicus – Mirasole, waarin deze zich bevond. Zeker, door de aanwezigheid van een religieus belangrijke plaats zoals een abdij, krijgt de naam Mirasole ook een andere toespeling, waardoor de spanning van het ascetische leven wordt opgeroepen om de blik gericht te houden op Christus, de zon van het leven.
De Mirasole-schuur (de schuur waren landelijke eenheden die afhankelijk waren van een abdij, waarrond een groep gebouwen was samengesteld die voor landbouw- en woondoeleinden werden gebruikt) werd tussen de 12e eeuw en de eerste jaren van de 13e eeuw geboren door de gebroeders Umiliati, met een gemeenschap alleen van leken. De Humiliati, door paus Innocentius III in 1201 als een echte orde erkend, verspreidden zich over Lombardije, stichtten talloze huizen - waaronder Mirasole - en namen deel aan het landbouw- en spirituele landwinningsproject dat ertoe leidde dat Milaan werd omringd met een kroon van abdijen. Het bewind van de Humiliati was een absolute nieuwigheid, omdat het de benedictijnse en augustijnse voorschriften aanpaste aan de intensieve arbeidsactiviteit van haar leden, vooral op het gebied van de wolverwerking. De Humiliati waren de eersten in de geschiedenis van de kerk met een derde orde, de zogenaamde tertiarissen, d.w.z. leken die werden erkend als een integraal onderdeel van de religieuze orde, ondanks dat ze in hun eigen huis woonden.
In de 13e en 14e eeuw was de vernederde abdij van Mirasole een bloeiend centrum van religieus leven en agrarische activiteit. Het volstaat te zeggen dat de gemeenschap in 1344 uit 44 leden bestond: 29 broeders, 11 nonnen en 4 bedienden; en dat de annalen van de Fabbrica del Duomo tussen 1387 en 1398 melding maken van een intense samenwerking met Mirasole voor de jaarlijkse levering van waardevol hout aan de Veneranda Fabbrica. De toegangstoren dateert waarschijnlijk voor defensieve doeleinden uit de 14e eeuw en vormde de abdij als een versterkte schuur met een vierhoekig plan, oorspronkelijk omgeven door een verdedigingsgracht met twee ingangen voorzien van een ophaalbrug.
Vanaf de tweede helft van de veertiende eeuw bestaan er, als gevolg van de demografische en economische crisis veroorzaakt door de Zwarte Dood-epidemie, geen tertiaire werknemers meer en is het aantal werknemers onvoldoende om te werken. De broeders besloten toen, zoals gebruikelijk was voor de religieuze ordes van die tijd, om leden van de Milanese burgerij en adel de pacht van steeds grotere gronden te verlenen om de liquiditeit terug te krijgen. De broeders beperkten zich tot het innen van verwaarloosbare pacht en bovendien profiteerden de pachtboeren van alle productieve activiteiten.
In 1482 werd Mirasole herleid tot commenda, de kerkelijke voorziening waarbij de paus een vrijkomende functie, bijvoorbeeld die van abt, toekent aan een religieus of leek die de inkomsten van de abdij geniet zonder er houder van te worden en in staat is de abt te beheren. activa via zijn vertegenwoordiger.
Na de mislukte aanval op San Carlo Borromeo door een vernederde man uit het huis van Brera, trok paus Pius V in 1571 de Orde van de Vernederden in. In 1582 ging het eigendom van de abdij van Mirasole over op het Zwitserse college van Milaan, opgericht door paus Gregorius XIII voor de opleiding van de Zwitserse geestelijken. Hier, na meer dan drie eeuwen, eindigde het kloosterleven van Mirasole en werden, behalve de kerk en het klooster, alle abdijgebouwen bedoeld voor huurders en arbeiders die daaropvolgende historische en architecturale gebeurtenissen van Mirasole beïnvloedden. Toen de Italiaanse campagne eenmaal voorbij was, onderdrukte Napoleon in 1797 het Zwitserse College en schonk de abdij, compleet met geld en boerderij, aan het Ospedale Maggiore in Milaan, om hem te belonen voor de hulp aan zijn zieke en gewonde soldaten.
Begin 19e eeuw bezette de pachtboer het gehele hoofdgebouw, liet de neoklassieke portiek met terras bouwen en transformeerde de kloostergang zelfs tot binnenplaats van zijn woning. In 1876 kreeg het ziekenhuis een vermindering van de missen van de curie van de aartsbisschop van Milaan, vanwege het tekort aan aalmoezen; in 1903 werd de kerk gesloten verklaard voor religieuze functies en vanaf dat moment brak een lange periode aan waarin Mirasole uitsluitend door boerenfamilies werd bewoond. De laatste dateren uit de jaren vijftig.
Het ziekenhuis promootte een eerste restauratie-interventie in 1930 en, in 1964, nog een uitgebreidere. De laatste werkzaamheden werden in de jaren tachtig uitgevoerd dankzij het werk van Franca Chiappa, weldoener van het ziekenhuis.