L'église tient son nom de l'ancienne appellation de Marennes : Saint-Pierre (patron des pêcheurs) et du siège de la seigneurie ; d'où son nom de Saint-Pierre de Sales.
Cet imposant sanctuaire, remonte au moins au début du XIe siècle, comme l'atteste sa mention dans l'acte de donation fait par le duc d'Aquitaine Geoffroy Martel à l'abbaye aux dames de Saintes, en 10472.
Après les affres de la guerre de Cent Ans, l'édifice est entièrement reconstruit entre le XIVe siècle et le XVe siècle dans le style gothique flamboyant. Son clocher-porche date de cette époque et témoigne de la splendeur de l'église et de la richesse de la ville.
Durant les guerres de religion, l'église sert de citadelle aux catholiques, assiégés par des troupes protestantes3, mais, à la fin de ce conflit, l'édifice est totalement ruiné. Seul le clocher est préservé. Les vestiges de l'ancienne église sont démolis en 1600. Les travaux de reconstruction débutent 2 ans plus tard : ils dureront jusqu'en 1776.
L'édifice actuel, de style classique, est formé d'une nef unique de 5 travées, bordée de chapelles latérales surmontées de tribunes avec balustrades. La nef est prolongée par un chœur de 2 travées, éclairé de profondes baies pourvues de vitraux au XIXe siècle. Les fresques, endommagées, datent aussi de cette période4. Les voûtes, réalisées au XVIIIe siècle sont en anse de panier.
À l'intérieur se trouvent plusieurs ex-voto d'inspiration marine, une statuaire constituée entre le XVIIIe siècle et le XXe siècle ainsi qu'un orgue de chœur datant du XIXème siècle. Cet instrument, toujours en état de marche, a été classé aux monuments historiques en 1986. L'église fut siège d'archiprêtré : la liste des titulaires de cette charge se trouve à l'entrée du sanctuaire.
L'élément le plus remarquable de l'église est son clocher, visible des kilomètres à la ronde, et dont les dimensions s'expliquent par la nécessité de servir d'amer. Il s'apparente à la flèche de la basilique Saint-Eutrope de Saintes.
Le clocher de l'église Saint-Pierre, avec une hauteur impressionnante de 85 mètres et accessible par 289 marches, a la particularité d'être le plus élevé de tous les édifices religieux du département de la Charente-Maritime. Il est non seulement l'emblème de la ville de Marennes, mais l'un des monuments historiques les plus visités de la cité.
Le clocher abrite une sonnerie de 4 cloches de volée : trois d’époque et une plus récente remplaçant la cloche «Marie-Amélie», fêlée en 1945 et brisée en mars 1966