Il toponimo Vaglio, deriva presumibilmente dal nome Balios, che, nella mitologia greca, indica il progenitore di una razza di cavalli. Da questa ipotesi si può dedurre che in questa località si allevasse questa razza di cavalli, e che trattandosi di un mito greco, i primi insediamenti furono greci. Questa ultima deduzione è corroborata dal fatto che in località Rossano di Vaglio sono stati ritrovati reperti tombali, armature e scudi greci, attualmente conservati presso il Museo Archeologico Nazionale.
L'attuale paese di Vaglio fu probabilmente fondato a seguito del trasferimento in Basilicata verso il XII secolo di nuclei di popolazione originaria dell'Italia settentrionale giunti al seguito di signori feudali in epoca normanna (XI-XII secolo)[4] e angioina (XIII secolo). Il territorio di Vaglio, dopo un lungo periodo di spopolamento (nel 1277 vi erano 210 abitanti), è appartenuto dal 1496 agli Orsini, potente famiglia romana, concorrente ai Colonna e ai Conti di Tuscolo. In seguito alla ribellione degli Orsini all'imperatore Carlo V, nel 1530 Vaglio fu ceduto a Don Filiberto De Chalon, principe di Orange, amico dell'imperatore, per poi ritornare a Ferdinando Orsini nel 1560. La successione dei potentati proseguì e l'universitas di Vaglio continuò ad essere oggetto di contesa. Nel 1569 Vaglio passa ad un certo Giovanni del Tufo, per poi essere riacquistato dai duchi di Gravina. Solo nel 1582 si riscattano da ogni forma di servitù, si riscattano al consistente prezzo di 21000 ducati, ma non riuscendo a raccogliere la somma, il territorio viene posto all'asta per 34000 ducati. Quando venne venduto ai Massa, peggiorarono le condizioni di vita dei contadini perché questi si erano impossessati dei demani comunali e dello spazio dedicato al pascolo, negandone l'uso ai cittadini, in completo contrasto con le leggi di tutela. Questi erano tra i cosiddetti Ministeriales, che si erano sostituiti alla vecchia nobiltà, che sfruttavano il territorio il più possibile. Questo malcontento scoppiò nel 1647, anno della rivolta Napoletana, quando, grazie ad una rivolta, riottennero l'utilizzo del pascolo. La sua proprietà, data in dote a Gabriella Massa, passò al Barone di Laurenzana, Francesco Quarto. Vaglio rimase ai Quarto fino alla fine del feudalesimo. Per ordine di Carlo di Borbone, nel 1740 le Università devono avere un catasto, tra cui anche Baglio. Nel 1741 avviene la scissione di beni ecclesiastici, ora pienamente tassati, da quelli appartenenti al clero, tassati a metà. Questi verranno soppressi e messi in vendita nel 1792, ma gli unici acquirenti furono feudatari e borghesi, date le possibilità economiche, rafforzando il proprio potere economico. Nel 1741, Baglio tentò di rimuovere il proprio feudatario portando 9 capi di accuse al Sacro Consiglio.
La cittadina fu teatro di uno rivolta popolare tra le due fazioni dominanti nel 1796, di cui quella di estrazione borghese, capeggiata da Daniele Carbone, l'altro di estrazione nobiliare capeggiata dai Catalano. Nel 1799, l'anno della repubblica Partenopea, i Catalano, di estrazione nobiliare si schierano dalla parte dei reazionari, e radicalizza l'odio tra le 2 famiglie. Intanto il 3 febbraio dello stesso anno, viene costituita una nuova municipalità con presidente Don Matteo Danzi, da parte della borghesia di Carbone e del mondo rurale, perché desiderosi di una riforma agraria, che consentisse una distribuzione dei terreni del demanio, ma questa ebbe vita breve perché l'8 dello stesso mese, per sollecitazioni del Cardinale Ruffo, una rivolta, capeggiata da Don Matteo Catalano, scacciò i repubblicani del paese. Ma nel 26 febbraio, i Carbone, fuggiti a Tolve, con l'aiuto dei repubblicani tolvesi, rientrarono in Vaglio, e mettono in fuga i Catalano. Carbone divenne Presidente con segretario il sacerdote Don Giovanni Danzi. Quando ci fu però il ripristino del vecchio regime, sempre nel 1799, Vaglio si alleò con Cancellara, Tolve e San Chirico Nuovo, per autodifesa e per salvare la repubblica. Il tentativo fallì, ma il barone Quarto perse ogni prestigio sociale, creando terreno fertile per i Francesi. Nel1806, quando Giuseppe Bonaparte abolì il feudalesimo, il demanio venne diviso tra i comproprietari. Dall'11 novembre 1807, con la proroga del 18 Nov 1808, una commissione composta da alti magistrati viene instituita per definire e concludere tutte le liti giudiziarie. Quando il suo lavoro termina, il 31 agosto 1810, venne elogiata per la sua equità ed efficienza dai Borboni, che la integrarono nella propria burocrazia. Intanto, il 29 agosto 1809, si concluse il riordino del catasto
Nel 18 ottobre 1860, ci fu l'Abolizione dei privilegi del clero, divenuta legge nel 17 febbraio 1861. Nel Dicembre 1860 Vennero richiamati in servizio tutti i soldati dell'ex esercito borbonico, questo portò una protesta anche a causa della concomitanza dell'aumento del prezzo del pane. Così, nel 1861, ci fu un'Insurrezione popolare, guidata da una popolana della famiglia "Ciaiodd". Nel 22 marzo 1861 la repressione della rivolta popolare a Napoli. Verrà comunicato il 6 aprile