Am Anfang der Geschichte von Rosenau steht ein Kuenringer: Hadmar II. übergab die Festung Rosenau im Jahre 1194 an Passau als Lehen. Das heutige Rosenau aber wurde 1590, gleichsam als Nachfolgebau dieser alten Burg, 3 km entfernt von ihr errichtet. Bauherr war Wolf Dietrich von Greiß, der das Schloss als mächtige Vierkantanlage erbauen ließ.
Im 17. Jahrhundert ging der Besitz an die Familie Schallenberg. In den Jahren 1736 bis 1747 ließ Leopold Christoph Schallenberg nach Plänen von Josef Munggenast das Gebäude zum Barockschloss der heutigen Form umbauen. Charakteristisch für Rosenau ist seine Außenfassade: der Torbau mit dem vorspringenden Stiegenhaus, darüber der hohe Uhrturm. Bedeutende Künstler wurden für die Innenausgestaltung des Schlosses herangezogen: die üppigen Fresken im Stiegenhaus (aus 1744 bis 1748) stammen von Johann Rincolin. Von Daniel Gran und Paul Troger sind Deckenfresken und Gemälde erhalten.
Graf Schallenberg ließ im ersten Stock des Schlosses eine Freimaurerloge einrichten. Da darüber keinerlei Dokumente vorhanden sind, ist weder der Name der Rosenauer Loge, noch das exakte Datum ihrer Gründung bekannt. Die frühere Nutzung der Räume als Freimaurerloge wurde erst 1974 bei Sanierungsarbeiten entdeckt.
Graf Schallenberg starb 1800, ab 1803 gab es in rascher Folge mehrere Eigentümer des Barockschlosses. Zwischen 1881 und 1921 war Schloß Rosenau in Besitz des Kommunalpolitikers und Reichsratsabgeordneten Georg Ritter von Schönerer. Er ging in die österreichische Geschichte vor allem als Führer der Alldeutschen Partei, Begründer der Los-von-Rom-Bewegung und des Rassenantisemitismus ein. 1945 erlebte Rosenau das gleiche Schicksal wie viele andere Schlösser: nach zehnjähriger Devastierung durch die russische Besatzungsmacht verfiel es allmählich. 1964 übernahm schließlich das Land Niederösterreich das Schloß Rosenau und ließ Schloss und Umgebung großzügig generalsanieren.
Als bei diesen Restaurierungsarbeiten die Fresken in der Freimaurerloge freigelegt wurden, beschloss man, ein in Österreich einzigartiges Freimaurermuseum einzurichten, das 1975 eröffnet wurde.