Velebno zdanje Franjevačkog samostana s crkvom Navještenja Blažene Djevice Marije dali su podići 1630. godine Sigismund i Nikola Erdody. Klanječka crkva jedan je od prvih ranobaroknih sakralnih spomenika u Hrvatskoj, a ujedno je i mauzolej obitelji Erdody.
Gradnja najstarijeg samostanskog krila, podno kapelice sv. Leonarda i tadašnjeg groblja, započela je 1632. godine. i dovršena je 1661. Na to će se krilo nadovezati ono bočno, čija će gradnja trajati do 1667. godine. Istovremeno s gradnjom samostana započela je i gradnja današnje crkve.
Samostanska crkva Navještenja Blažene Djevice Marije u Klanjcu posvećena je 19. rujna 1655., a posvetio ju je i izvorni dokument izdao zagrebački biskup Petar Petratić.
U području Hrvatskog zagorja, znanog i kao «ostatak ostataka Hrvatskog kraljevstva» od svojih početaka u 17. stoljeću, barok će ostaviti svoje tragove. Crkva u Klanjcu tako slovi kao jedan od najsačuvanijih ranobaroknih sakralnih spomenika u Hrvatskoj.
Godine 1859. postavljen je, a 26. kolovoza 1860. blagoslovljen današnji veliki oltar, kojeg su izradili braća Tomo i Franjo Fantoni, Talijani iz Genove. Oltarnu sliku Navještenja naslikao je Karlo Dietrich, slikar iz Graza.
Još prije 1789. godine, od kada samostan postaje i župom, klanječki se franjevci bave i dušebrižničkim radom. Služe narode propovijedanjem, poučavanjem u vjeri i ispovijedanjem.
U to zlatno doba u samostanu živi više od 20 redovnika. Za njihove potrebe održava se studij filozofije i teologije. Nastaju brojna umjetnička djela, a po glazbenoj ostavštini koju čuva samostanski arhiv vidi se da je s naročitom pažnjom njegovana glazba. Uz latinske pjesme, klanječki redovnici njeguju i hrvatsku popijevku.
Iako je vjerojatno da su sve knjige koje je samostan posjedovao izgorjele u požaru 1716. godine, danas samostanska knjižnica ima jedan od najbogatijih knjižnih fondova.
Upravo su se iz ovog prostora među puk širile najnaprednije ideje onog doba. Peter Fortunat Horvat prvog je rujna 1841. izabran za prvog učitelja pučke škole otvorene u samostanu. Od redovnika laika mještani su učili mnoge praktične vještine, od sadnje plemenite vinove loze do bavljenja pčelarstvom.
Duhovno okružje koje su od svog dolaska u Klanjec stvarali franjevci, bio je početak koji je Klanjec pretvarao u grad kulture.
Od 1988. pa sve do danas traje posljednja obnova samostana u Klanjcu. S mnogo odricanja, ovo velebno zdanje, koje cijeli ovaj grad čini posebnim i prepoznatljivim, polako dobiva izgled kakav zaslužuje.