La città di Sluis nacque intorno a una chiusa dello Zwin, il corso d'acqua che un tempo dava a Bruges l'accesso al mare. Ha ricevuto i diritti di città dal conte fiammingo Gwijde van Dampierre nel 1290. Nel XIV secolo Sluis era molto importante come porto esterno di Bruges. Nel 1340 la baia di Sluis vide la prima grande battaglia della Guerra dei Cent'anni, la battaglia di Sluis, che si concluse con una catastrofica sconfitta per la Francia. Quando le Fiandre insorsero contro il re romano-tedesco Massimiliano d'Austria nel 1492, Sluis fu assediata invano da Philipp von Kleve-Ravenstein. Intorno al 1550 lo Zwin non era più navigabile. Successivamente fu scavato un canale Sluis-Damme-Bruges, ma le grandi navi smisero di arrivare a Bruges. Anche il periodo d'oro di Sluis era finito.
Durante la Guerra degli ottant'anni fu conquistata dagli olandesi nel 1576, dagli spagnoli nel 1587 e ancora da Moritz von Nassau nel 1604 [2]. Il costruttore del forte Menno van Coehoorn fece costruire nuovi bastioni e altre fortificazioni nel 1702, ma nel 1747 e nel 1794 i francesi riuscirono a prendere Sluis due volte.