Degna di nota è la chiesa cittadina di San Chiliano, strutturalmente collegata al municipio.
Come in altre ex città imperiali, la chiesa principale ha un aspetto simile a quello di una cattedrale. Il complesso edilizio rappresenta architettonicamente il centro politico e religioso della Libera Città Imperiale di Windsheim.
La sola capacità di 2.000 persone dimostra la grandezza dell'edificio.
Già nell'VIII secolo c'era una chiesa dove oggi si trova St. Kilian. Martino fu dedicato e si fermò sull'altura più alta della zona. I ritrovamenti sotto la piazza del mercato nell'estate del 2000 indicano che fosse la chiesa dell'attiguo palazzo reale.
Solo verso la fine del XII secolo apparve un insediamento di mercato sulla collina intorno alla Martinskirche. La vecchia chiesa fu demolita e al suo posto fu costruita la romanica Kilianskirche. L'edificio preesistente, essenzialmente tardomedievale, fu iniziato probabilmente intorno al 1400 e terminato verso la metà del XV secolo. Secondo le antiche cronache, era lungo 100 gradini e largo e alto 40 gradini. Le finestre strette e ogivali della sala dell'altare si riferiscono ancora a questo edificio gotico.
St. Kilian fu gradualmente dotato di un totale di nove altari. Anche Tilman Riemenschneider ha lasciato il segno qui. Dal 1494 lavorò all'attrezzatura del coro, composta dall'altare maggiore, dall'altare dei dodici messaggeri e dalla croce dell'arco del coro. Tutte le opere furono considerate bruciate, ma intorno al 1950 fu scoperta la firma del grande intagliatore di Würzburg sull'altare dei Dodici Messaggeri nel Museo del Palatinato di Heidelberg. Apparentemente, le figure di legno furono salvate dalla chiesa in fiamme (vedi sotto) e si diressero verso Heidelberg su un sentiero tortuoso. Oggi puoi ammirarne una copia nella Seekapelle.
Già nel 1522, solo cinque anni dopo l'inizio della Riforma, la posizione di predicatore a St. Kilian fu occupata per la prima volta da un pastore "protestante". Thomas Appel aveva studiato a Wittenberg ed era un fervente sostenitore della Riforma di Martin Lutero. Con la firma della Confessione di Augusta (Confessio Augustana) al Reichstag nel 1530, la libera città imperiale di Windsheim divenne finalmente protestante. Nel 1717, in occasione del 200° anniversario della Riforma, si svolse un completo restauro, ma non lo si ammirò a lungo: San Kilian, insieme alla maggior parte degli arredi, cadde vittima del grande incendio cittadino del 1730 . Rimasero in piedi solo le mura di cinta, così come la cortina in stucco con i putti sopra l'arco del presbiterio.
La ricostruzione iniziò un anno dopo sotto la direzione del capomastro di Ansbach Johann David Steingruber. Fu costruita una chiesa evangelica barocca con un altare maggiore quasi "cattolico". Sono state aggiunte due gallerie in ciascuna navata laterale, in modo che ci sia spazio per circa 2.000 persone. Sotto le gallerie, dietro il vimini intagliato, c'erano i luoghi delle famiglie dei magistrati. La chiesa fu ridedicata nel novembre 1733, ma i lavori per la decorazione interna e la pittura continuarono fino al 1756.