Dopo la sua sorgente, il Doubs svolta dapprima a nord-est attraverso Pontarlier, scorre attraverso il bacino di confine del Lac de Moron in direzione di Delémont, formando il confine con la Svizzera da Les Brenets. Cade sul Saut du Doubs, una cascata alta 27 m, per poi scorrere completamente in territorio svizzero per un breve tratto di circa 29 km. Questo tratto di fiume è chiamato Clos du Doubs. Dopo Saint-Ursanne, il fiume cambia nuovamente direzione verso ovest, lasciando il territorio svizzero a Ocourt e La Motte sul versante svizzero e Brémoncourt sul versante francese. Una particolarità è il confine del Doubs lungo il confine franco-svizzero. Contrariamente a quanto accade di solito con i fiumi, il confine non corre nel mezzo del fiume, ma piuttosto il Doubs appartiene interamente alla Francia lì. Ciò derivava dai trattati tra il principe vescovo di Basilea e il re di Francia. Scorrendo a ovest da Saint-Ursanne, il Doubs rientra in Francia e scorre sotto Saint-Hippolyte, dove riprende il Dessoubre sulla sinistra, attraverso una valle trasversale delle Montagnes du Lomont a nord fino ad Audincourt. Qui riprende subito a destra l'Allaine, poi svolta nel suo corso inferiore a sud-ovest e si snoda per Baume-les-Dames, Besançon e Dole, dove riprende a sinistra il Loue, verso la Saône, in cui scorre ad un'altezza di 170 m Verdun-sur-le-Doubs a circa 16 km a nord-est di Chalon-sur-Saône. Fonte: Wikipedia