Vers la fin du XIIe siècle, une église abbatiale a été édifiée. Au début du XIIIe siècle, accolé à l’ouest de la première abbaye romane, un cloître de style gothique est progressivement construit.
L’abbaye connaît son apogée à partir de cette époque : en plus de ses prieurés (la Grainetière en Vendée et la Tenaille près de Pons), elle possède des terres dans un rayon de 100 km, incluant des salines sur la côte.
Au XVe siècle, Fontdouce obtient le titre d’abbaye royale entraînant un profond changement de son mode d’administration : l’abbé n’est plus élu par ses pairs au sein de la communauté mais il est nommé par le roi. C’est souvent un grand laïc à qui le roi octroie la commende, c'est-à-dire 80 % des revenus de l’abbaye.
Puis, les guerres de religion, au XVIe siècle, accélèrent sa décadence. L’église abbatiale est saccagée : elle ne sera jamais reconstruite.
Les années suivant la Révolution française apportent également leur lot de destructions : plusieurs bâtiments dont le réfectoire disparaissent. Les derniers moines sont chassés en 1793 et l’année suivante le site est vendu comme Bien National pour servir de propriété agricole. Le fermier qui rachète les lieux construit alors, sur les restes des bâtiments conventuels, une maison style Premier Empire.
Dans les années 1820, Fontdouce entre dans la famille des actuels propriétaires qui, le 16 décembre 1986, fera classer monuments historiques2 les parties gothiques, salle capitulaire et parloir.
À partir de 1970, les actuels propriétaires entreprennent une série de fouilles destinées à la restauration de l’Abbaye de Fontdouce. Ils font progressivement revivre la très belle salle capitulaire et le parloir gothique, les deux chapelles romanes superposées et plusieurs autres vestiges.
Ces travaux de restauration leur vaudront le troisième prix du concours chef-d’œuvre en péril en 1979.En 1986, le site est entièrement classé Monument historique1.
Aujourd’hui, Fontdouce demeure une propriété privée, tournée vers les activités touristiques et culturelles, soutenue dans ses actions de mise en valeur par une équipe de passionnés regroupés au sein de l’Association Guillaume de Conchamp.