Le nom de l'abbaye dérive du nom du village – vicus – Mirasole, dans lequel elle se trouvait. Certes, en raison de la présence d'un lieu religieux important comme une abbaye, le nom Mirasole prend également une allusion différente, évoquant la tension de la vie ascétique pour garder le regard fixé sur le Christ, le soleil de la vie.
La grange Mirasole (les granges étaient des unités rurales dépendant d'une abbaye, autour desquelles se composait un groupe de bâtiments à usage agricole et résidentiel) est née entre le XIIe siècle et les premières années du XIIIe par les frères Umiliati, avec une communauté de laïcs uniquement. Les Humiliati, reconnus par le pape Innocent III comme véritable ordre en 1201, se répandirent dans toute la Lombardie, fondant de nombreuses maisons - dont Mirasole - et participant au projet de valorisation agricole et spirituelle qui conduisit à entourer Milan d'une couronne d'abbayes. Le règne des Humiliati était une nouveauté absolue, car il adaptait les préceptes bénédictins et augustins à l'intense activité de travail de ses membres, notamment dans le domaine du traitement de la laine. Les Humiliati ont été les premiers dans l'histoire de l'Église à avoir un troisième ordre, appelé tertiaire, c'est-à-dire des laïcs reconnus comme partie intégrante de l'ordre religieux, bien qu'ils vivent dans leur propre maison.
Aux XIIIe et XIVe siècles, l'abbaye humiliée de Mirasole était un centre florissant de vie religieuse et d'activité agricole. Il suffit de dire qu'en 1344 la communauté était composée de 44 membres : 29 frères, 11 religieuses et 4 domestiques ; et que les annales de la Fabbrica del Duomo rapportent, entre 1387 et 1398, une intense collaboration avec Mirasole pour l'approvisionnement annuel en bois précieux de la Veneranda Fabbrica. Probablement à vocation défensive, la tour d'entrée date du XIVe siècle, configurant l'abbaye comme une grange fortifiée de plan quadrangulaire, à l'origine entourée de douves défensives avec deux entrées équipées d'un pont-levis.
À partir de la seconde moitié du XIVe siècle, en raison de la crise démographique et économique provoquée par l'épidémie de peste noire, les travailleurs du secteur tertiaire n'existent plus et le nombre de travailleurs est insuffisant pour travailler. Les frères décidèrent alors, comme c'était l'habitude des ordres religieux de l'époque, d'accorder aux membres de la bourgeoisie et de la noblesse milanaise la location de terres de plus en plus grandes pour récupérer des liquidités. Les frères se limitaient à percevoir des loyers négligeables et, en plus, les métayers bénéficiaient de toutes les activités productives.
En 1482, Mirasole fut réduite à la commenda, cette disposition ecclésiastique par laquelle le Pape accorde un poste devenu vacant, par exemple celui d'abbé, à un religieux ou laïc qui jouit des revenus de l'abbaye sans en devenir le titulaire et pouvoir administrer les actif par l’intermédiaire de son représentant.
Suite à l'attaque manquée de San Carlo Borromeo par un homme humilié de la maison de Brera, en 1571 le pape Pie V abrogea l'ordre des Humiliés. En 1582, la propriété de l'abbaye de Mirasole passa au Collège suisse de Milan, créé par le pape Grégoire XIII pour l'éducation du clergé suisse. Ici, après plus de trois siècles, la vie monastique de Mirasole prit fin et, à l'exception de l'église et du cloître, tous les bâtiments de l'abbaye étaient destinés aux locataires et aux ouvriers. Les événements historiques et architecturaux ultérieurs de Mirasole furent influencés par Napoléon. Une fois la campagne d'Italie terminée, Napoléon supprima en 1797 le Collège suisse et fit don de l'abbaye, avec ses fonds et sa ferme, à l'Ospedale Maggiore de Milan, pour le récompenser de l'assistance apportée à ses soldats malades et blessés.
Au début du XIXe siècle, le fermier occupa tout le bâtiment principal, fit construire le portique néoclassique avec terrasse et transforma même le cloître en cour de sa maison. En 1876, l'Hôpital obtint une réduction des messes de la Curie archevêque de Milan, en raison de l'insuffisance des aumônes ; en 1903, l'église fut déclarée fermée aux fonctions religieuses et, à partir de ce moment, commença une longue période au cours de laquelle Mirasole fut habitée exclusivement par des familles paysannes. Les dernières datent des années 1950.
L'hôpital promeut une première intervention de restauration en 1930 et, en 1964, une autre plus vaste. Les derniers travaux ont été réalisés dans les années 1980, grâce au travail de Franca Chiappa, bienfaitrice de l'hôpital.