El nombre de la Abadía deriva del nombre del pueblo – vicus – Mirasole, en el que se encontraba. Ciertamente, debido a la presencia de un lugar de importancia religiosa como es una Abadía, el nombre Mirasole también adquiere una alusión diferente, evocando la tensión de la vida ascética por mantener la mirada fija en Cristo, sol de la vida.
El caserío Mirasole (los caseríos eran unidades rurales dependientes de una abadía, alrededor de la cual se componía un conjunto de edificios destinados a fines agrícolas y residenciales) nació entre el siglo XII y los primeros años del XIII por los hermanos Umiliati, con una comunidad sólo de laicos. Los Humiliati, reconocidos por el Papa Inocencio III como orden real en 1201, se extendieron por toda Lombardía, fundando numerosas casas -entre ellas Mirasole- y participando en el proyecto de recuperación agrícola y espiritual que llevó a rodear Milán con una corona de abadías. La regla de los Humiliati fue una novedad absoluta, ya que adaptaba los preceptos benedictinos y agustinos a la intensa actividad laboral de sus miembros, en particular en el campo de la elaboración de la lana. Los Humiliati fueron los primeros en la historia de la Iglesia en tener una tercera orden, los llamados terciarios, es decir, laicos reconocidos como parte integrante de la orden religiosa, a pesar de vivir en sus propios hogares.
En los siglos XIII y XIV, la humillada Abadía de Mirasole fue un floreciente centro de vida religiosa y actividad agrícola. Baste decir que en 1344 la comunidad estaba compuesta por 44 miembros: 29 frailes, 11 monjas y 4 sirvientes; y que los anales de la Fabbrica del Duomo relatan, entre 1387 y 1398, una intensa colaboración con Mirasole para el suministro anual de madera valiosa a la Veneranda Fabbrica. Probablemente con fines defensivos, la torre de entrada data del siglo XIV, configurando la Abadía como una granja fortificada de planta cuadrangular, originalmente rodeada por un foso defensivo con dos entradas provistas de un puente levadizo.
A partir de la segunda mitad del siglo XIV, como consecuencia de la crisis demográfica y económica provocada por la epidemia de peste negra, los trabajadores terciarios ya no existen y el número de trabajadores es insuficiente para trabajar. Los frailes decidieron entonces, como era habitual en las órdenes religiosas de la época, conceder a los miembros de la burguesía y la nobleza milanesas la renta de tierras cada vez mayores para recuperar liquidez. Los frailes se limitaban a cobrar rentas ínfimas y, además, los arrendatarios se beneficiaban de todas las actividades productivas.
En 1482 Mirasole fue reducida a commenda, aquella disposición eclesiástica por la que el Papa concede un cargo que queda vacante, por ejemplo el de abad, a un religioso o laico que disfruta de los ingresos de la Abadía sin convertirse en su titular y poder administrar la activo a través de su representante.
Tras el fallido ataque a San Carlo Borromeo por parte de un hombre humillado de la casa de Brera, en 1571 el Papa Pío V derogó la orden de los Humillados. En 1582 la propiedad de la Abadía de Mirasole pasó al Colegio Suizo de Milán, creado por el Papa Gregorio XIII para la educación del clero suizo. Aquí, después de más de tres siglos, terminó la vida monástica de Mirasole y, excepto la iglesia y el claustro, todos los edificios de la abadía estaban destinados a inquilinos y trabajadores. Los acontecimientos históricos y arquitectónicos posteriores de Mirasole estuvieron influenciados por Napoleón. Una vez terminada la campaña italiana, en 1797 Napoleón suprimió el Colegio Suizo y donó la Abadía, junto con los fondos y la granja, al Ospedale Maggiore de Milán, como recompensa por la asistencia prestada a sus soldados enfermos y heridos.
A principios del siglo XIX, el arrendatario ocupó todo el edificio principal, hizo construir el pórtico neoclásico con terraza e incluso transformó el claustro en el patio de su casa. En 1876 el Hospital obtuvo de la Curia Arzobispal de Milán una reducción de Misas, por insuficiencia de limosnas; en 1903 la Iglesia fue declarada cerrada a funciones religiosas y, a partir de este momento, se inició un largo período en el que Mirasole estuvo habitada exclusivamente por familias campesinas. Los últimos datan de la década de 1950.
El hospital impulsó una primera intervención de restauración en 1930 y, en 1964, otra más amplia. Las obras finales se llevaron a cabo en los años 80, gracias al trabajo de Franca Chiappa, benefactora del hospital.