Este santuário está ligado a uma romaria de grande importância a nível local, realizada no Domingo de Pascoela, e conhecida como Festa de Santa Águeda e São Neutel, sendo no passado conhecida igualmente como Romaria do Leite. Segundo a tradição, neste dia os lavradores deveriam oferecer leite a Santa Águeda, que era depois vendido à porta da ermida pelos romeiros. Acreditava-se que este ritual garantiria a fertilidade dos rebanhos, enquanto que a forte presença do leite como elemento simbólico está ligado ao processo de tortura de Santa Águeda, durante o qual lhe foram mutilados os seios.
A ermida é o ponto principal da Rota de Sant'Águeda, que também passa por outros monumentos religiosos na freguesia de Vila Nova da Baronia, como a Capela de Nossa Senhora da Conceição e a Igreja Matriz.