Das Kloster Muri erhielt 1083 im Zuge der Hirsauer Reform zusätzlich einen Frauenkonvent und wandelte sich somit zu einem Doppelkloster. Gegen Ende des 12. Jahrhunderts zogen die Nonnen nach Hermetschwil. Das neue Kloster erhielt von Muri Grundbesitz und diverse Herrschaftsrechte im Reusstal. Die Verwaltung ging um 1300 an die Meisterin über. Die geistliche und weltliche Leitung verblieb beim Abt von Muri, der das Frauenkloster Hermetschwil auch nach aussen vertrat.
Die Nonnen stammten vorwiegend aus den Reihen des Landadels oder aus Bürgerfamilien der Städte im Mittelland. Es gab keine Klausur und die Nonnen verfügten über Pfründen und Privatvermögen. Als von 1529 bis 1531 in den Freien Ämtern kurzfristig die Reformation Einzug hielt, gab es zahlreiche Austritte und die Bedeutung der Abtei ging stark zurück. Die Einführung strengerer Regeln brachte eine Wende. Das späte 16. und vor allem das 17. Jahrhundert waren die Blütezeit des Klosters; die Anlage wurde damals in drei Etappen erweitert. Als bedeutendste Äbtissin dieser Epoche gilt Maria Anna Brunner.
1712 flohen die Nonnen während des Zweiten Villmergerkriegs vorübergehend nach Luzern. Unter der Helvetischen Republik musste das Kloster auf den Bezug der Gefälle und die Ausübung der niederen Gerichtsbarkeit verzichten. Als Reaktion auf bewaffnete Aufstände nach der Verhaftung des Bünzer Komitees hob der Grosse Rat das Kloster am 13. Januar 1841 auf. Im Zuge des Aargauer Klosterstreits machte er diesen Schritt zwei Jahre später nach einem Beschluss der Tagsatzung wieder rückgängig. Während des Kulturkampfs wurde das Kloster im Jahr 1876 erneut aufgehoben und in ein Kinderheim umgewandelt, ein Jahr später das Klostergut versteigert.
1878 kauften die Nonnen einen Teil der Anlage zurück. Da die Aufnahme neuer Novizinnen verboten war, erfolgte im Jahr 1892 die Verlegung des Konvents ins Kloster Habsthal in Württemberg und die Zurückstufung der Abtei Hermetschwil zum Priorat. Seit 1985 leitet wieder eine Äbtissin das Kloster, seit 1986 sind die Abteien Hermetschwil und Habsthal rechtlich getrennt. Im Jahr 2003 lebten 15 Nonnen im Kloster, die hauptsächlich mit sozialen Aufgaben beschäftigt sind. Heute leben noch ein paar Nonnen im Kloster und sorgen für dessen Weiterbestand.