Die Burgdorfer Aue entsteht durch den Zusammenfluss mehrerer Entwässerungsgräben nördlich von Hohenhameln. Sie trägt ihren Namen ab Equord im Landkreis Peine. Nördlich von Mehrum wird sie in einem Düker unter dem Mittellandkanal hindurchgeleitet und verläuft dann in nordwestlicher Richtung, zwischen dem Hämeler Wald im Osten und der Stadt Lehrte im Westen. Hier mündet von links der Lehrter Bach. In fortan nördlicher Fließrichtung passiert der Fluss Steinwedel und durchquert in zwei Armen die Stadt Burgdorf. Nördlich von Obershagen verzweigt sich die Burgdorfer Aue heutzutage in die weiter nordöstlich fließende Alte Aue (rechts, GKZ: 48542) und die nach Norden gerichtete Neue Aue (links, GKZ: 48544). Beide münden in den Fuhsekanal (GKZ: 4854).
Die Neue Aue führt bei niedrigen bis mittleren Wasserständen die Hauptwassermenge, aber die Verzweigung ist so gestaltet, dass ihr Durchfluss eine Obergrenze hat. Bei Hochwasser fließt also das meiste durch die Alte Aue. Diese nimmt nach 1,8 km von rechts die Thöse auf und wird ab hier nur Aue genannt. An der (früheren) Mündung der Aue von links in die Fuhse im Norden von Nienhagen zweigt heute der Fuhsekanal nach links von derselben ab. Wegen einer eingebauten Schwelle (lange Zeit gab es hier sogar ein Wehr) gelangt heute bei Niedrigwasser kein Wasser aus der Fuhse selber in den Kanal. Das Wasser der Aue hingegen nimmt er normalerweise vollständig auf. Dreieinhalb Kilometer stromabwärts bei Westercelle nimmt der Kanal die Neue Aue auf.
Umwelt- und Naturschutz
Das Wasser der Burgdorfer Aue weist durchgehend die Güteklasse II–III: „kritisch belastet“ auf.[5][6]
Im März 2016 meldete die Jägerschaft Burgdorf die Rückkehr des Bibers in die Burgdorfer Aue, was als Anzeichen für gute Wasserqualität gewertet wird.[7]
Gemäß einer Verordnung des früheren Kommunalverbands Großraum Hannover (heute Region Hannover) von 1969 sind weite Teile der Burgdorfer Aue zwischen Lehrte und Burgdorf mit einer Größe von 751,7 ha zum Landschaftsschutzgebiet erklärt worden.[8]