Kühlungsborn entstand durch die Zusammenlegung der Dörfer Brunshaupten, Arendsee und Fulgen im Jahr 1938. Die Johanniskirche liegt im Ortsteil Brunshaupten. 1219 wurde Brunshaupten unter dem Namen „Brunshovede“ (= Hof oder Hafen des Brunos) in der Gründungsurkunde des Nonnenklosters Sonnenkamp erwähnt. Anlass war die Stiftung von dreißig Hufen und der halben Strandfischerei an das Kloster, das seinen Sitz zunächst in Parchow bei Kröpelin, später in Neukloster hatte. Bis zur Reformation erlangte das Kloster nicht nur größeren Besitz, sondern auch das Patronat an der Kirche und die höchste Gerichtsbarkeit. Nach der Säkularisierung Mitte des 16. Jahrhunderts ging das Patronat an den Landesfürsten. Der Maler Selle strich um 1707 das Gestühl an und verzierte die Fenster mit Laubwerk. 1710 wurde durch den Orgelbauer Johann Engelbrecht Gerhard aus Rostock eine Orgel eingebaut. Zu diesem Zweck wurde eine neue Empore errichtet. Das Pflaster vor dem Altarraum wurde im 17. Jahrhundert erhöht. 1777 wird die Pfarre Brunshaupten mit Biendorf zusammengelegt, was bis 1850 Bestand hatte. 1843/44 wurde die Orgel durch eine neue Orgel von Heinrich Rasche aus Rostock ersetzt. Zum Ende des 20. Jahrhunderts wurde der Innenanstrich erneuert.
Zum Erntedankfest 2003 wurde die alte Pfarrscheune nach umfangreichen Umbaumaßnahmen als Gemeindezentrum eingeweiht und zum Advent 2004 als Kinder- und Jugendzentrum erweitert.
Um größere Schäden zu vermeiden wurden ab 2010 umfangreiche Renovierungsarbeiten durchgeführt. Es wurden Schäden am Dach, am Mauerwerk, am Gewölbe, an den Holzschwellen im Turm und an den Altarfiguren beseitigt. Die Stromverkabelung wurde vollständig erneuert. Die Beleuchtungskonzeption wurde komplett neu geplant und danach die neue Lichttechnik eingebaut. eine Erneuerung des Fußbodens im Innenraum war notwendig und der Kirchenvorplatz wurde neu gestaltet. Die fachmännische Sanierung der spätmittelalterlichen und barocken Figuren nahm Georg von Knorre aus Rostock vor. Nach der Beseitigung von Schäden am Holz setzte die Orgelbaufirma Nußbücker aus Plau das Instrument an seinen ursprünglichen Platz um; die klangliche Wahrnehmung wurde so verbessert.