Die Kirche, die das Patrozinium des Heiligen Clemens von Rom als Schutzpatron der Seeleute trägt, wurde vermutlich 1236 erbaut und 1240 erstmals urkundlich erwähnt.[1] Die Bewohner der damals einzigen Inseldörfer Norddorf und Süddorf konnten sich nicht einigen, in welchem Dorf die Kirche erbaut werden sollte, so dass sie zwischen den beiden Dörfern, allerdings näher an Süddorf, erbaut wurde. Die Kirche wurde anfangs als einfacher Holzbau errichtet und war vermutlich eine Filialkirche der Gemeinde St. Johannis in Nieblum auf Föhr.[2] Die Kirche lag auf einer flachen Halbinsel, auf der der Föhrer Geistliche anlanden konnte. Später wurde die Kirche als einschiffiger, turmloser Bau im Stil der Romanik aus Backsteinen und Feldsteinen errichtet. Das Dach wurde mit Reet gedeckt. Später wurde die Kirche verputzt und weiß getüncht.
Um die Kirche herum entwickelte sich das Dorf Nebel (deutsch: Neues Dorf) zum größten Dorf der Insel. 1524 kam die Reformation nach Amrum, so dass die Kirchengemeinde evangelisch wurde. Von 1574 bis 1630 war Tycho Frudson (gelegentlich auch Frödden genannt) Pastor. Etwa zu seinem 50-jährigen Dienstjubiläum entstanden 1623 die aus Tannenholz gefertigte Kanzel und der Schalldeckel. 1634 wurde der Flügelaltar aus Dankbarkeit dafür errichtet, dass die Amrumer die Zweite Grote Mandränke überstanden hatten.[3] Zwei Kronleuchter aus Messing wurden 1671 und 1685 von Amrumern gestiftet. In dieser Zeit (1629/1630–1686) amtierte Martin Flor 56 Jahre lang als Amrumer Pastor. 1692 wurde in einem kleinen, freistehenden Holzgestell eine Betglocke aufgehängt.[4] Vor 1700 wurde die Westempore errichtet, später wurde auch eine Nordempore eingebaut. Von 1739 bis 1875 waren mit einer kurzen Unterbrechung nacheinander drei Mitglieder der Familie Mechlenburg Pastor, wobei jeweils ein Sohn das Amt übernahm.[2] Der Letzte, Lorenz Friedrich Mechlenburg, verfasste ein Wörterbuch des Öömrang. 1886 wurde eine einmanualige Marcussen-Orgel im Altarraum eingeweiht. Um ihr Platz zu verschaffen, musste der Chor erhöht werden.[5]
Im Jahr 1908 wurde der 36 Meter hohe, kupfergedeckte Kirchturm mit einer größeren Glocke hinzugefügt,[6] der von dem damaligen Pastor Magnus Weidemann entworfen worden war. Das Holzgestell wurde abgebaut. In den Jahren 1936 und 1957–1960 wurde das Innere der Kirche renoviert. Dabei wurde 1957 ein niedriger Chorbogen eingebaut. Zu den zwei gestifteten Kronleuchtern aus Messing kamen 1960 ein weiterer Kronleuchter und zwei Wandleuchter aus einem holsteinischen Gutshaus, ebenfalls aus Messing.[3] 1981 wurde eine zweimanualige Orgel eingeweiht.[7] 1984 wurde der Turm von außen vollständig renoviert.